Fin février 2020, quelques semaines seulement après que la maladie à coronavirus pandémique ait même reçu un nom officiel, un homme souffrant d’une toux et d’une fièvre terribles s’est présenté dans l’un des centres de soins d’urgence ProHealth dans le Queens, New York. À ce stade, aucun cas de COVID-19 n’avait encore été confirmé à New York, mais les chiffres étaient à la hausse par endroits à travers le pays, et l’homme avait récemment participé à une conférence.
Un médecin formé aux URGENCES a enfilé des lunettes de protection, un masque facial et des gants et est entré pour tamponner le nez de l’homme avec un Q-tip géant. Avec un peu de chance, cela montrerait qu’il était tombé malade d’un autre agent pathogène plus banal — et que le moment de ses symptômes n’était qu’une sombre coïncidence.
En quelques minutes, les employés ont eu la réponse qu’ils espéraient: l’écouvillon était positif pour la grippe. Mais Daniel Griffin, chercheur à l’Université Columbia et chef de la division des maladies infectieuses chez ProHealth, n’était pas prêt à baisser la garde. « Attendez une seconde », dit-il à l’équipe soignante, alors que ses collègues se préparaient à jeter leur équipement de protection. « Comment savons-nous que ce monsieur n’est pas également infecté par le virus pandémique? »Il a suggéré qu’ils supposent tous le pire jusqu’à ce qu’ils aient eu la chance d’effectuer d’autres tests.
Début mars, ces résultats sont finalement arrivés: Oui, l’homme était positif pour le virus pandémique. Sa femme l’était aussi, et leurs deux enfants aussi. Toute la famille a eu le COVID-19 et la grippe.
À la fin de l’été 2020, de nombreux experts mettaient en garde contre un potentiel “twindémique” de ces deux maladies. Mais leurs craintes étaient autant sur la possibilité que COVID-19 et la grippe se combinent pour submerger les systèmes de santé comme la possibilité qu’ils se combinent pour submerger le système immunitaire d’un individu. En 2021, nous ne savons toujours pas trop comment — ou à quelle fréquence — le virus de la grippe et le SRAS-COV-2 agissent en tandem dans le même corps. Une étude très précoce en provenance de Chine en janvier 2020 trouvé zéro cas de coinfection de ces deux agents pathogènes chez 99 patients COVID-19, mais un suivi, effectué un mois plus tard dans un hôpital COVID-19, a conclu que environ un sur huit avait les deux maladies en même temps. Quelle que soit la prévalence historique de la coinfection, le twindemic ne s’est jamais produit l’hiver dernier. Peut-être en raison du port du masque et de la distanciation sociale, les chiffres de la grippe aux États-Unis étaient beaucoup, beaucoup plus bas que la normale pendant la saison 2020-21.
Mais avec les restrictions pandémiques qui se détendent, et moins de personnes se faire vacciner contre la grippe, la même chose les avertissements sont revenus. ”Je pense en fait que c’est plus un risque cette année », m’a dit Griffin. Des cas comme ceux qu’il a vus il y a près de deux ans pourraient devenir beaucoup plus courants. En fait, de nouvelles recherches suggèrent que les co-infections – pas seulement de COVID-19 et de la grippe, mais de nombreux agents pathogènes à un ou deux coups – peuvent être beaucoup plus fréquentes que nous ne le pensions. La compréhension par les médecins de la signification de ces coinfections pour les soins et le traitement reste préliminaire, mais elles pourraient bien avoir des conséquences importantes.
Certains rhumes sont pires que d’autres. Parfois, ils peuvent être une épreuve terrible, nous assommant pendant des jours, nous laissant misérables; d’autres fois, ils sont à peine gênants. Ce n’est pas un grand mystère ou quoi que ce soit: Nous savons que certains virus du rhume sont plus méchants que d’autres et que nous pouvons être exposés à des quantités plus ou moins importantes du même virus; nous savons également que notre système immunitaire peut être plus fort ou plus faible à un moment donné. Mais que se passe-t-il si un autre facteur non reconnu est en jeu? Et si le cas le plus méchant de reniflements que vous ayez jamais eu était, en fait, deux virus infectant votre corps en même temps — un double rhume?
Au cours de la dernière décennie, de nouveaux diagnostics moléculaires ont rendu ces coinfections beaucoup plus faciles à identifier — et ils ont généré des statistiques inquiétantes. Des études de dépistage récentes ont révélé que 14 à 70% parmi les personnes hospitalisées pour une maladie pseudo-grippale, le test est positif pour plus d’un agent pathogène viral.
Pour la COVID-19, l’acquisition de plusieurs infections semble être associée à de mauvais résultats. Les personnes atteintes de COVID-19 sévère qui se sont retrouvées aux soins intensifs pendant de nombreux jours et parfois des semaines étaient sujettes à développer maladies supplémentaires— ce qu’on appelle la “surinfection” – à l’hôpital. Il est difficile de secouer les images des patients atteints de COVID-19 défigurés par la mucormycose, également connue sous le nom de champignon noir; mais ceux qui se retrouvent aux soins intensifs sont également sensibles aux pneumonies et à la septicémie associées au ventilateur. Les personnes malades de la grippe sont également sujettes à des surinfections bactériennes, qui auraient causé de nombreux décès lors de la pandémie de 1918, selon Brianne Barker, professeure à l’Université Drew, dans le New Jersey, qui enseigne la virologie et l’immunologie.
Certains chercheurs ont estimé que, au total, jusqu’à la moitié des décès dus au COVID-19 peuvent être attribués à des infections mixtes, bien que d’autres mettez le nombre considérablement plus bas. Selon une analyse du printemps dernier de plus de 100 études, les personnes testées positives pour le SRAS-COV-2 et un deuxième agent pathogène avaient tripler les chances de mourir par rapport à ceux qui n’avaient que COVID-19. Ce risque supplémentaire n’était pas seulement associé aux surinfections survenues pendant le séjour à l’hôpital d’un patient; selon cette analyse, il s’appliquait tout aussi bien à ceux qui avaient des coinfections dès le premier diagnostic de COVID-19.
Ces données proviennent d’études sur des co-infections aiguës telles que la COVID—19 et la grippe – des maladies que le corps élimine généralement en quelques jours ou quelques semaines. Notre corps contient également une soupe de coinfections chroniques qui ne disparaissent jamais vraiment. Ceux-ci comprennent une foule de virus de l’herpès tels que le cytomégalovirus, une présence à vie dans 50 à 80% des adultes américains; et le virus varicelle-zona, qui cause la varicelle et le zona. Un autre qui nous reste à jamais est le virus d’Epstein-Barr, qui peut provoquer une mononucléose (”mono ») lorsqu’une personne est exposée pour la première fois et infecte une quantité estimée 90% des personnes dans le monde.
Ces infections à vie, contrôlées par notre système immunitaire, ne sont généralement pas pertinentes pour les rencontres ultérieures avec un agent pathogène différent. Mais dans certains cas, ils pourraient être réveillés par une nouvelle maladie qui affaiblit temporairement nos défenses immunitaires. Par exemple, certaines petites études pendant la pandémie ont offert allusion cette COVID-19 sévère est associée à un accélération du cytomégalovirus latent ou du virus de l’herpès simplex.
D’un autre côté, une infection chronique par des virus à vie peut rendre les gens plus vulnérables à une infection aiguë. L’exemple classique de ceci est le VIH, qui s’attaque au système immunitaire lui-même et épuise les cellules T du corps. Les personnes atteintes du virus sont beaucoup plus susceptibles de contracter la tuberculose et, par conséquent, la tuberculose est l’une des principales causes de décès chez les personnes vivant avec le VIH.
Les coinfections ne sont pas toujours de mauvaises nouvelles pour le patient. Dans certains cas, les agents pathogènes sont opposés les uns aux autres, en compétition pour les mêmes cellules hôtes. Prenez le virus du papillome humain, qui provoque le cancer du col utérin et les verrues génitales. Une étude de laboratoire de 2018 a révélé qu’une seule peau humaine ou cellule cervicale pouvait être infectée simultanément avec deux souches différentes de VPH — et que lorsque cela s’est produit, l’une des souches s’est retrouvée moins capable de générer des copies de lui-même qui continuerait à infecter d’autres cellules.
Les chercheurs pensent que, dans certaines situations, une infection virale pourrait également vous protéger en activant le corps réponse immunitaire innée, l’amorçant pour contrecarrer une deuxième infection qui arrive plus tard. Dans un troisième scénario, une infection initiale pourrait également déclencher l’activation des lymphocytes T qui reconnaissent un deuxième agent pathogène envahissant similaire — un effet connu sous le nom de “réponse du spectateur ». » C’est ce qui arrive aux personnes infectées par les deux virus de la dengue et virus Zika, bien que cela offre vraiment une protection (ou si cela pourrait même causer des dommages) n’est pas clair.
Les médecins ont essayé, à de rares occasions, d’induire des coinfections comme traitement. Il y a un siècle, avant l’invention des antibiotiques, le neuropsychiatre autrichien Julius Wagner-Jauregg préconisait l’utilisation des parasites du paludisme comme remède contre la psychose causée par la syphilis. Le traitement a provoqué de la fièvre chez les patients, ce qui, selon Wagner-Jauregg, améliorerait la psychose. (La quinine serait administrée pour traiter le paludisme dès que la maladie aurait fait son travail.) Wagner-Jauregg a remporté un prix Nobel pour cette découverte, mais son travail serait éclipsé par son approbation de l’eugénisme et éventuellement soutien aux nazis. Plus tard, les scientifiques ont repris l’idée d’utiliser autres agents pathogènes— en particulier le ver parasite commun Ascaris lumbricoides—contre le paludisme lui-même.
Il est possible que même la collision redoutée du coronavirus et de la grippe puisse avoir des avantages pour les individus. Pour un étude publié en 2018, un groupe de scientifiques de Moscou, dans l’Idaho, a projeté un virus de type rhume commun, un rhinovirus ou un coronavirus de souris, sur le nez de souris blanches. Lorsqu’elles ont suivi ces infections, deux jours plus tard, avec une giclée d’un virus de la grippe adapté à la souris, les souris se sont mieux débrouillées – elles vivaient plus longtemps et présentaient moins de symptômes, tels qu’une fourrure ébouriffée et une respiration laborieuse — que les autres souris qui n’ont jamais reçu de rhume. Les chercheurs ont suggéré que le rhinovirus ou le coronavirus avait déclenché une réponse inflammatoire ”précoce mais contrôlée » dans les poumons des animaux, ce qui les a ensuite aidés à vaincre le virus de la grippe. Pour ces souris, au moins, un un-deux induit par le laboratoire était protecteur.
De nouvelles techniques de test ont révélé un bourbier combinatoire d’infections chez des patients individuels, même en pratique courante. Lorsque les médecins font un écouvillon de nez ou de gorge sur un enfant malade, les résultats indiquent parfois la présence de plusieurs agents pathogènes, dit Jean-Pierre Boyer, qui est le chef de la section des maladies pédiatriques infectieuses à l’Imperial College de Londres. Les enfants pourraient avoir un mélange de rhinovirus, de parainfluenza et de virus respiratoire syncytial. « Nous voyons souvent deux ou même trois virus différents se révéler positifs », m’a-t-il dit. « Les infections coexistantes avec différents organismes, en particulier les virus, sont la règle plutôt que l’exception.”
Mais que signifient exactement ces coinfections? Les implications des résultats de smorgasbord restent floues. “Nous avons une compréhension assez limitée de la façon dont ils interagissent les uns avec les autres, avec les bactéries et les autres agents pathogènes, pour entraîner la maladie affectant chaque patient”, a déclaré Cunnington, ajoutant que les enfants atteints de plus d’un agent pathogène ne semblent pas nécessairement plus malades que les autres. En d’autres termes, avoir un double rhume peut ne pas être particulièrement mauvais. La même chose pourrait être vraie pour certaines coinfections pandémiques: Certaines recherches suggèrent que de nombreux patients atteints de COVID-19 ont des bactéries, des champignons ou d’autres virus dans leurs systèmes au moment du diagnostic, mais avec peut-être peu de raisons de s’inquiéter. Une étude menée dans un hôpital chinois local, par exemple, a révélé qu’environ 94 % des patients atteints de COVID-19 les résultats ont été positifs pour les co-infections aiguës ou chroniques, mais ce taux était encore plus élevé (96%) chez les personnes atteintes d’une maladie légère ou asymptomatique. Nos systèmes immunitaires peuvent produire différents anticorps simultanément, de sorte qu’ils peuvent généralement effectuer plusieurs tâches contre différents agents pathogènes.
Il est parfois difficile de dire lequel de plusieurs microbes chez un patient est celui qui cause la maladie. Les nouveaux tests moléculaires sont si sensibles qu’ils peuvent détecter des fragments génétiques inoffensifs qui persistent dans le corps après l’élimination d’un agent pathogène — identifiant une “coinfection” qui n’est même plus active. Griffin a suggéré que les dépistages à pathogènes multiples devraient toujours être utilisés pour les patients hospitalisés avec COVID-19, ou avec toute autre maladie grave, afin que le traitement puisse être adapté au besoin sous-jacent. Si quelqu’un a la grippe en plus du COVID-19, par exemple, un médecin peut offrir du Tamiflu, ou des antibiotiques peuvent être administrés pour une infection bactérienne cachée. Mais Griffin a averti que lorsque les tests moléculaires impliquent plusieurs coupables, ces résultats devraient être validés avec d’autres tests de laboratoire, comme essayer de développer les agents pathogènes en laboratoire. ”Tu veux toujours faire les cultures », m’a dit Griffin.
La recherche de coinfections crée plus de travail pour les médecins, et l’interprétation des résultats lorsqu’ils trouvent plusieurs agents pathogènes cachés dans les organes de quelqu’un entraîne un mal de tête clinique encore plus important. Mais de plus en plus d’études constatent que les coinfections sont monnaie courante, il est donc important de ne pas les ignorer — en particulier pour les patients très malades. Tout en biologie ne respecte pas le rasoir d’Ockham, un principe attribué au frère et philosophe franciscain Guillaume d’Ockham, qui soutient que, lorsqu’on lui donne plusieurs solutions possibles, celle avec la moins de complexité est la plus probable. « Ockham n’était pas un médecin”, a déclaré Griffin. « Vous pouvez avoir plus d’une chose en cours.